Neo, permanence inconsciente en el mundo real, atrapado en una misteriosa estación de metro que se encuentra entre el mundo real y la Matrix, el agente Smith, continúa creciendo sin control, amenazando con destruir los dos mundos. Mientras tanto, con los centinelas acercándose cada vez más a Zion, los ciudadanos de la última ciudad habitada en la Tierra se preparan para el inevitable ataque.