La historia de Logan transcurre en el año 2029, seis años después de la creación de la nueva linea temporal mostrada hacia el final de X-Men: Días del futuro pasado. Logan ha decidido no volver a usar sus poderes ni sus garras, pero cuando una malvada organización liderada por Nathaniel Essex intenta utilizar al resto de mutantes que quedan en el mundo, convirtiéndolos en armas para usar en su beneficio, Logan se verá obligado a volver a ser 'Wolverine' una vez más...